在農村醫療報銷比例上，新型農村合作醫療由衛生部門負責，城鎮居民醫療保險由人力資源和社會保障部門負責。
農村居民和城鎮居民屬于社會弱勢群體，農村居民參加新型農村合作醫療每年只需繳納30元;城鎮居民實行分段支付，18歲以下學生和兒童每年繳納38元。而18周歲以上(含18周歲)的非從業城鎮居民個人每年繳費120元。這導致部分非從業城鎮居民，特別是無收入來源的弱勢群體認為城鎮居民醫療保險繳費標準比新農合高，而補償標準差不多，所以不愿參加城鎮居民醫保，想參加新農合。
從報銷比例來看，多數地方城鎮居民醫保報銷比例普遍低于新農合。
國家衛生計生委日前印發《關于做好新型農村合作醫療幾項重點工作的通知》，要求全面推開利用新農合基金購買大病保險工作。在鞏固兒童白血病、終末期腎病、重性精神疾病、艾滋病機會性感染、肺癌等20個病種的大病保障工作基礎上，將兒童苯丙酮尿癥和尿道下裂納入大病保障范圍。
《通知》提出，2014年，要進一步提高新農合籌資標準和保障水平，各級財政對新農合的補助標準提高到320元，全國平均個人繳費標準達到90元左右。各地要調整和優化統籌補償方案，將政策范圍內住院費用報銷比例保持在75%以上，門診醫藥費用報銷比例提高到50%左右。
根據通知，要堅持政府主導、市場運作、群眾受益、低利潤的原則，引進商業保險機構在市、省承擔大病保險。各地要建立健全招標機制，規范運作。做好新農合基本保障、大病保險、醫療救助和疾病應急救助制度間的銜接，為群眾提供“一站式”服務，發揮制度整體合力。